poscar2qe.py, qeout2poscar.py by 바죠

poscar2qe.py
qeout2poscar.py

POSCAR  --> Quantum Espresso input files


예를 들어, 위의 스크립트를/home/ihlee/qe/ 설치했다고 가정합니다.

결정구조 정보를 담고 있는 POSCAR 파일이 있는 폴더에서 아래와 같이 실행합니다.  [파이썬 3]

python  /home/ihlee/qe/poscar2qe.py

가지 QE 인풋 파일들을 만들어 줍니다. [vc-relax.in_, scf.in_, rep.in_ ...QE 용 phonopy 입력 파일]

필요한 입력 파일들을 더 만들 수 있다. 프로그램을 계속해서 확장을 있다.

 

qeout2poscar.py 이 프로그램은 QE 출력물을 이용해서 CONTCAR  만들어 줍니다

당연하게도 poscar2qe.py 입력이 됩니다.  [cp  CONTCAR   POSCAR]

 

아래의 phonopy 프로그램은 단위셀을 "정제" 해 주는 기능을 합니다

[phonopy 의 원래 목적은 포논 밴드를 그리는 것입니다

원자간 힘 상수를 계산함으로써 수치적으로 포논 밴드를 그리는 방법입니다.

힘 계산만 정확하게 이루어 진다면 포논 밴드를 그려낼 수 있습니다. SCF 루프를 철저하게 수렴시키는 것이 핵심이다.]


결정구조들은 수치적으로 약간의 오류가 있을 있습니다

[symmetrizing and standardizing the atomic positions using PHONOPY]

이러한 오류들을 tolerance 라는 옵션을 이용하여 잡아줍니다

다시 말해서, POSCAR 파일을 "정제"해 줍니다. 결정을 정제하는 것과 같다고 볼 수 있습니다.

제일원리 계산을 하지 않고 정제를 해 줍니다. 수치적 오류를 잡아내고 수정해 줍니다.

제일원리 계산으로도 확보할 수 없는 수준의 수치적 오류를 잡아내 줍니다.  

이러한 POSCAR 파일의 정제가 제일원리 계산에서 매우 중요합니다

결정구조에서는 항상 대칭성이 강조되기 때문입니다.

 

물론, 단위셀, primitive cell 찾아 줍니다

공간군도 찾아 줍니다. 특히, tolerance 를 조절하면서 공간군을 찾을 수 있게 합니다.


많은 연구자들이 POSCAR 파일을 입력으로 이용해서 PLATON 프로그램을 많이 사용합니다. 

이러한 온라인 서비스를 제공하는 곳:

http://aflow.org/aflow_online/

이곳에서 VASP 프로그램용 KPOINTS 파일도 만들어 줍니다. [BZ 그림을 포함해서 일관된 양식을 제공합니다.]

이곳에서 단위셀도 찾아 줍니다.

이곳에서 Wyckoff positions도 찾아 줍니다. 

POSCAR --> Wyckoff positions, 이것의 역변환도 지원하고 있습니다.

 

phonopy   –tolerance  0.01   –symmetry    –c  POSCAR

find a primitive unit cell [space group] with phonopy

아래와 같은 간단한 스크립트를 이용할 수 있습니다.

마우스로 캡처해서 명령어 프롬프트에 입력하면 됩니다. 또는 스그립트에 넣어도 됩니다. 


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cp  POSCAR   POSCAR__

/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/phonopy  --tolerance  0.01   --symmetry   -c  POSCAR    >/dev/null

head -n 1 POSCAR >z1

sed -e 1d PPOSCAR >>z1

rm BPOSCAR  PPOSCAR

mv z1 POSCAR

 

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

make a supercell with phonopy

phonopy   -d   --dim="2 2 3"   -c  POSCAR


--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
cat QEIRREPS.pbs
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=g1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
##
#SBATCH -J "QEIRREPS"
#SBATCH -o STDOUT.%j.out
#SBATCH -e STDERR.%j.err
#SBATCH -t 10-24:00:00  # The job can take at most 10 days 24 wall-clock hours.

## don't touch
. /etc/profile.d/TMI.sh
##

if false; then
cp POSCAR    POSCAR__
/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/phonopy  --tolerance 0.01  --symmetry  -c  POSCAR >/dev/null
sleep 0.1
head -n 1 POSCAR >z1
sed -e 1d PPOSCAR >>z1
rm BPOSCAR PPOSCAR
mv z1 POSCAR
sleep 0.1
fi

dirname='rlxallz4.save'
if [ -d "$dirname" ]; then
    rm -rf  "$dirname"
fi


/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/python    /home/ihlee/qe/poscar2qe.py
sleep 0.1
if false;then
cp vc-relax.in_    vc-relax.in
mpirun -genv I_MPI_DEBUG 5 -np $SLURM_NTASKS /TGM/Apps/QE/6.5/bin/pw.x <vc-relax.in > vc-relax.out
sleep 0.1
/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/python   /home/ihlee/qe/qeout2poscar.py
sleep 0.1
cp vc-relax.in_    vc-relax.in
mpirun -genv I_MPI_DEBUG 5 -np $SLURM_NTASKS /TGM/Apps/QE/6.5/bin/pw.x <vc-relax.in > vc-relax.out
sleep 0.1
/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/python   /home/ihlee/qe/qeout2poscar.py
sleep 0.1
cp vc-relax.in_    vc-relax.in
mpirun -genv I_MPI_DEBUG 5 -np $SLURM_NTASKS /TGM/Apps/QE/6.5/bin/pw.x <vc-relax.in > vc-relax.out
sleep 0.1
/TGM/Apps/PYTHON/3.6.8_intel_2019.0.075/bin/python   /home/ihlee/qe/qeout2poscar.py
fi

if true;then
dirname='rlxallz4.save'
if [ -d "$dirname" ]; then
    rm -rf  "$dirname"
fi
dirname='dir-wfn'
if [ -d "$dirname" ]; then
    rm -rf  "$dirname"
fi
dirname='output'
if [ -d "$dirname" ]; then
    rm -rf  "$dirname"
fi
cp scf.in_    scf.in
mpirun -genv I_MPI_DEBUG 5 -np $SLURM_NTASKS /TGM/Apps/QE/6.3/bin/pw.x <scf.in > scf.out
sleep 0.1
cp rep.in_    rep.in
mpirun -genv I_MPI_DEBUG 5 -np $SLURM_NTASKS /TGM/Apps/QE/6.3/bin/pw.x <rep.in > rep.out
sleep 0.1
mkdir dir-wfn
mkdir output
sleep 0.1
/TGM/Apps/QE/6.3/bin/qe2respack     rlxallz4.save
sleep 0.1
int000=$( awk '/number of electrons/{printf("%.0f\n", $5)}' scf.out)
/TGM/Apps/QE/6.3/bin/qeirreps  .  $int000     > qeirreps.log
fi
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symmetrizing and standardizing the atomic positions using PHONOPY


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나무-불 화덕 설계 by 바죠

나무-불 화덕 (wood-fired oven ) 설계

화덕 설계 시공 착안점들:

1.
서서 피자를 구어 낼 수 있도록 한다. [입식 조리를 유도한다.] 높은 곳에 위치한 화덕을 만든다. 
즉, 받침대 구조물이 별도로 필요하다. 
소형 화덕의 경우, 탁자 또는 이동식 테이블 위에 설치할 수도 있다. 
대부분의 경우 대형 구조물이기 때문에 벽돌 등으로 탁자형식의 구조물을 만들고 그 위에 화덕을 올린다.

짐볼 크기의 다소 소형 돔 형태의 경우, 이동식이 될 수 있다. 즉, 받침대를 나무로 만들수도 있다.

2.
굴뚝은 화덕 입구 바로 윗쪽에 위치한다. 
입구 아치 살짝 뒷쪽, 윗쪽에 위치한다. 굴뚝이 화덕 입구 가까이 위치해야 화덕에 보다 많은 열을 보관할 수 있다.
화덕의 열용량을 최대로 사용할 수 있다. 열을 버리기 전에 마지막 순간까지 끝까지 이용하자는 것이다.
[ 서양식 화덕의 원리는 열 저장이다. 요리는 화덕 전체의 열기로 완성된다. 복사, 전도, 복사의 열을 모두 이용해야 한다.]

굴뚝은 화덕 뒤에 위치하지 않는다. 화덕은 순전히 열를 보관하는 공간으로 활용하고자 하는 것이다. 
굴뚝이 없을 수 없기 때문에 반드시 설치한다. 하지만, 입구 근처에 위치시킨다. 
차가운 공기가 화덕 입구 아래쪽에서 들어와서 연료에 의해서 데워진 다음 화덕 내부 위로 올라간다.
화덕이 돔 형태를 갖추고 있기 때문에 공기는 다시 내려왔다가 최종적을 다시 굴뚝 유도관을 따라서 올라가게 만들어야 한다.
아래쪽으로 들어오는 차가운 공기와 맞닿을 수 있을 정도로 더운 공기가 낮게 내려왔다가 최종적으로 올라가게 만들어 준다. 
이러한 굴뚝의 위치는 최소 연료를 사용할 수 있게 해준다. [열을 최대한 사용하고 버린다.]
아치 구조로 입구를 만들지 않을 경우, 입구 구조물이 쉽게 무너져 내린다는 점에 착안한 것이다.

세가지 열이 있다.
복사 (불꽃으로 부터의 열)
전도 (돔, 바닥으로부터의 열)
대류 (공기의 흐름에 의한 열)

프라스틱 물통, 짐볼 등을 아치 틀, 돔 틀로 각각 이용할 수 있다.
마찬가지로 콜라병을 굴뚝 틀로 이용할 수 있다. 
콘크리트를 사용하기 때문에 틀 바깥면에 랩으로 도포하는 것은 아주 좋은 아이디어이다. [신문지를 활용할 수 있다.] 
잘 떨어져 나간다. 

돔 바닥에서 최고 천정 높이 그리고 굴뚝의 시작점 높이 이 둘 사이의 비율이 있을 것이다. 
최고의 열효율을 위한 비율이 있다는 것이다. 
통상 대략 60%까지 높이를 잡아준다.좌우 폭도 제법 잡아 주어야 요리를 할 수 있다.

3. 
이상적인 화덕을 위해서는 돔 단열, 바닥 단열을 각각 해야 한다.  
바닥으로 열손실이 많다. 요리중에 손으로 돔 표면, 바닥 근처 부분을 만져 볼 수 있다. 열 손실을 느낄 수 있다.
내화 벽돌을 사용한다. 아치형 벽돌이 따로 있다.
단열재 두께를 30 cm 정도라고 생각해야 한다. 
단열처리를 확실히 했다면 내열 페인트로 마무리 작업을 해도 좋다.
굴뚝 부분에서 빗물이 세지 않도록 확실하게 표면처리를 한다.
단열을 중요하게 생각하지 않는 방식으로 옹기화덕을 생각할 수 있다. 
옹기 아래에 구멍을 뚫고 밑에서 불을 붙인다. 위쪽으로 연기를 내뿜는 방식이다. 중간 부분에서 음식을 익히는 방식이다.
콘크리트 테이블의 경우, 콘크리트 테이블 위를 유리병으로 깔수 있다. 유리가 연전도를 잘 못하는 물질이기 때문에 절연의 효과가 있다.

4.
흙으로 돔 모양을 만들 때 사용할 지지대를 만든다. 돔을 벽돌로 만들 때 마지막 순간에 짐볼을 사용하기도 한다.
스티로폼, 나무 등을 이용할 수도 있다. 스티로폼 등을 테이프로 붙여서 가능하면 둥글게 만들어 준다.
부피대비 최소 면적은 구에서 얻을 수 있다. 돔 구조를 선호하는 이유이다.
또한, 돔 구조는 자체적으로 안정성이 높은 구조이다. 아치와 마찬가지로 안정적인 구조이다. 
스스로 무너져 내릴 가능성이 다른 구조보다 훨씬 더 낮다.
별돌도 웨지 형식이 있다.
내화 벽돌도 마찬가지이다.
이러한 모양잡힌 벽돌을 이용하면 편리하다. 


5.
화덕 바닥은 둥근 모양으로 잡는다. 유용한 돔 구조를 피할 수 없기 때문에 바닥은 돔 구조의 단면인 원형이 될 수밖에 없다.
바닥 아래쪽을 미리 단열 처리를 한다. 벽돌을 이용하여 원형의 밑바닥을 완성한다. 
벽돌을 잘라 낼 수 있어야 한다. 왜 돔 구조일까? 표면적이 가장 작은 입체는 구이다. 
따라서, 열손실 최소화 관점에서 구형이 이상적이다. 
구면, 바닥면 단열 처리까지 고려하는 것이 설계 시공의 일반적이다.

6.
입구모양은 아치형으로 한다. 이 때, 스티로품이나 나무로 만든 아치 형틀을 이용할 수 있다. 
연장된 아치 입구 바로 뒤에 굴뚝을 위치시킨다.
유리솜 (glass wool) 같은 것으로 단열 처리를 한다. 
마지막 표면은 시멘트를 이용하여 마무리한다. 
겉면에 타일을 붙이면 더욱 좋다. 
내열 페인트를 활용한다.

7.
굴뚝은 간단하게 콘크리트로 만들 수 있다. 이 때, 둥근 파이프 두 개를 이용할 수 있다. 
직경이 큰 것과 작은 것 사이에 콘크리트를 넣어서 고형화 시키는 방법으로 쉽게 굴뚝을 만들 수 있다.
굴뚝 뚜껑도 비슷한 방법으로 만들 수 있다. 플라스틱 모양의 틀을 잘 구하면 된다. 

8.
입구를 막을 수 있는 철판 또는 나무판을 준비한다.
입구를 특어막으면 어떻게 될까?
공기의 흐름을 차단하는 것이다. 공기없이 불이 얼마나 버티는지를 체크하는 것이다. 
문을 닫음으로써 열의 흐름을 극도로 차단한다.
투명 유리 접시를 이용할 수 있다. 콘크리트 작업에서 이를 이용하면 조그만 창을 만들 수 있다.

9. 
혼자서 만든다면 3 주일은 소요될 것이다. [콘크리트 양생기간을 고려해야 한다.]

10. 
통상, 열원은 장작을 사용한 불을 가정한다.
하지만, 다른 연료를 사용해도 문제가 없을 것이다. 피자집에 따라서는 가스 버너를 안쪽에 설치하기도 한다. 

테이프, 랩, 깡통, 플라스틱 물통 자른것, 짐볼, 수평계 (또는 생수 통)

11.
"버미큐라이트+시멘트" 보다는 "펄라이트 + 시멘트"가 더 내구성이 좋다.


아치 최대 높이 20 cm
아치 좌우 최대폭 39 cm

짐볼 직경 65 cm
이동 가능한 소위 이동식 화덕 (소형) 


https://www.youtube.com/watch?v=Djoub57k9Vk   Porterhouse Steak in the Wood Fired Oven
스테이크 구울 때는 석쇠를 사용한다.
아울러 숫불 구이를 진행한다.
명함과 같은 크기의 카드를 여러 장 준비하고 이것을 길이 방향으로 바닥에 정열한다. 
명함 대신 종이상자를 잘라서 단위 모양을 만들 수 있다.
이것들을 테이프로 붙인다. 양면에 각각 테이프를 붙인다. 
이것은 세울수 있고 휘어질 수 있는 띠가 된다.
이것을 이용하여 원형, 반원 틀을 만들 때 활용할 수 있다. 
반원 틀은 화덕입구를 막는데 필요한 문을 만들 때 필요하다. 
문에 유리판을 넣어서 준비할 수도 있다. 
또한, 굴뚝 두껑도 만들어야 한다. 

원판 윗면은 타일을 올려 장식할 수 있다. 매끈한 표면이 좋아 보인다.
합판 위에 테이프를 원형으로 정열하여 틀을 만든다.
신문지를 깔고 그 위에 콩크리트를 올린다.
매우 작은 유리병들이 다수 준비되어 있으면 바닥에 깔아서 넣는다. 
굵은 철사들을 잘라서 격자를 만들어서 철근으로 활용하면 좋다.

물통, 스티로폼 등을 이용하여 입구 틀을 만들 수 있다.

1 리터 플라스틱 병을 이용하여 굴뚝 틀을 만들 수 있다.


신문지, 합판, 물병, 물통, 짐볼, 물, 고운 자갈, 모래, 시멘트, 철사, 단열재, 조그만 유리병, 유리 접시,
테이프, 랩, 삽, 미장 도구

공동주택 분리 수거장에 가면, 스티로폼, 종이 박스가 많이 쌓여있다.
판매 짐볼 직경 45-65 cm

아주 큰 TV 종이 박스도 좋은 것 같다.
 

안녕 파이썬 2 by 바죠

안녕 파이썬 2 

파이썬소프트웨어재단은 파이썬을 사용 중인 기업 또는 개발자라면 보안 및 최신 기술 유지를 위해 파이썬2에서 파이썬3로 이전할 것을 제안했다. 이번 업데이트를 끝으로 파이썬2 버전의 잠재적 보안 취약점 관련 기술 지원도 중단하기 때문이다.

약 11년에 걸친 지원과 유도 작업을 거친 결과 파이썬 개발자 대부분은 파이썬3로 이전한 것으로 나타났다. 개발도구 전문업체 젯브레인은 지난해 개발자 90%가 파이썬3로 이동한 것으로 조사됐다고 밝혔다.
귀도 반 로섬은 “파이썬 2.7버전 출시 후 마지막 파이썬2 버전이 릴리즈됐다”며 감사하다고 트위터를 통해 전했다.

파이썬2의 고별 업데이트:


코드 편집기:


엔지니어가 선호하는 컴퓨터 언어:


가장 쉬운 리눅스 서버 원격접속 그리고 X11 전달 [윈도우즈 시스템을 위한 PuTTy + Xming] by 바죠

가장 쉬운 리눅스 서버 원격접속 그리고  X11 전달 [윈도우즈 시스템을 위한 PuTTy + Xming]
리눅스, 윈도우즈로부터 접속 그리고 그림 그리기에 관한 이야기. 이 때 필요한 소프트웨어에 대한 이야기이다.
기본적으로 무료 소프트웨어 사용을 가정하고 있다.


PuTTy 단순 연결: 원격 접속으로 문자 위주의 리눅스 명령어 사용 가능함. 파일 편집 가능함.
PuTTy 복잡 연결: PuTTy [무료 소프트웨어] + Xming [무료 소프트웨어] 함께 사용하는 방법: X11 전달 사용 가능함. 보다 더 일반적인 연결, 적극 권장함. 그림을 뛰워서 볼 수 있음.

다시 말하면 PuTTy 프로그램만 단독으로 사용할수도 있습니다. [윈도우즈 원격 리눅스 시스템 접속 가능하다.] 
마찬가지로 PuTTy는 Xming 과 함께 사용할 수도 있습니다. [윈도우즈에 Xming을 실행한 상태에서 PuTTy를 이용한 원격 리눅스 접속이 가능하다.]

윈도우즈에 아래와 같은 두 번의 설치가 필요합니다.

PuTTy 설치   Xming 설치Xming 실행 PuTTy 실행 PuTTy 미세조정  [무료 소프트웨어]


윈도우즈에서 Xming 실행 함.  윈도우즈가 X11 그림을 받을 준비함. 전달받을 준비 완료. 아이콘 트레이에 Xming 활성화를 확인함.
시작  →  모든 프로그램   Xming Xming과 XLaunch를 확인할 수 있다.
Xming은 실제 Xming을 실행시키는 프로그램이고, XLaunch는 화면 설정을 해주는 것이다.
사용자가 만들어 놓은 설정을 저장할 수 있다.  ]

그 다음에 윈도우즈에서 PuTTy 프로그램 실행. 윈도우즈에서 PuTTy 프로그램 미세 조정이 필요합니다.  
세팅 저장이 필요합니다.
[ Connection SSH X11 Enable X11 forwarding  ]

지속적으로 연결 상태를 유지하는 방법 [윈도우즈가 자동으로 닫히면 안 된다. 따라서, 별도로 윈도우즈 창이 지속적으로 열려 있도록 설정을 별도로 진행해야 한다.]:
PuTTy 새로 시작 PuTTy Configuration Connection 
Seconds between keepalives : 60
Enable Tcp keepalives 선택 


PuTTy로 리눅스/유닉스 서버에 접속
X11이 필요한 프로그램 실행.
윈도우즈에서 그림이 나타남을 확인함.

PuTTy + Xming을 활용하면 상당한 비용을 줄일 수 있다.
학교에서 실습을 할 때도 마찬가지이다. 많은 학생들에게 모두 유료 소프트웨어를 구입하여 보급하는 것은 굉장한 부담이다.
사실상 불가능에 가깝다. 따라서, 무료 소프트웨어가 있을 경우, 꼭 이 것을 활용할 수밖에 없다. 
컴퓨터를 새로 구입할 때, 소프트웨어를 추가로 구입해야 하는 사태를 막을 수 있다.
유료는 늘 부담스럽다.
지속적이고 안정적인 컴퓨터 사용을 위해서 이러한 유료 소프트웨어에 대한 면역력을 키워야 한다.



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관련 유료 프로그램 :  xmanager, http://incredible.egloos.com/2856707

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무료 파일전송기 파일질라:

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무료 윈도우즈 용 Tex  편집기
무료 소프트웨어로서 유명한 것:  TeXnicCenter 

miktex2.9 설치 (bin 디렉토리가 만들어진 것을 확인 해야 함. 이곳에 실행 파일들이 준비될 것임.)  →  sumatraPDF 설치 (엄청나게 빨리 설치함.)  →  TeXnicCenter  설치  (설치하자 마자 조정 들어감) 

WinEdt는 유료 소프트웨어 [Tex 편집기] http://incredible.egloos.com/1583704
WinEdt에서 폰트 사이즈 조절:
Options → Preferences → Font → Font

word 수 카운트 하기: Ducument → Word Count
spell check : Tools →  Spell Check

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무료 윈도우즈 용 vi 편집기: 

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무료 포트란 컴퓨터 언어 컴파일러, PC 용


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무료 파이썬 언어, 개발환경


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무료 소스코드 편집기


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무료 고스트스크립트, 뷰어, ghostscript, ghostview ps, eps 뷰어 (윈도우즈 용)


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윈도우즈 용 무료 소프트웨어 리스트:

알캡처
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VESTA : 원자구조 그림 그리기 프로그램

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오리진 대체 프로그램

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