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string method (LJ potential) [algorithm]

string method (LJ potential) [algorithm]cf. Nudged Elastic Band (NEB) methodtransition pathway/ minimum energy path/ transition state를 찾는 방법 중 하나로 알려진 string method의 간단한 사용예를 보였다.참고:http://web....

Local minimization, Lennard-Jones potential [algorithm]

1차 미분과 함수 값을 이용한 구조 최적화 문제의 실제 예를 보여준다.LJ  potential:http://incredible.egloos.com/4242358LJ cluster 구조 변형 기작 시뮬레이션: http://incredible.egloos.com/4660981      implicit n...

AD-ENM Web Server

규모가 큰 단백질 구조 변형 양식 분석, 기능 수행 양식 연구 서버AD-ENM Web ServerDC-ENM Web ServerPATH-ENM Web Serverhttp://enm.lobos.nih.gov/refs.htmlhttp://www.lobos.nih.gov/The AD-ENM (Analysis of Dynamics of Ela...

전이경로를 찾아서

전이경로를 찾아서동일한 내용(블로그 형식):http://incredible.egloos.com/3127566참고 사항:제 11 회 단백질 접힘 겨울 학교, 2012년 2월 하이원 리조트 개최 발표 내용 총 132 페이지 분량 자료: RareEvent_simulations1-49.pdfRareEvent_simulations50-132.pdfhttp://i...

CVODE, A STIFF/NONSTIFF ODE SOLVER IN C

S. D. Cohen and A. C. Hindmarsh, Comput. Phys. 10, 138 (1996).NEB 방법에서 relaxation 용도로 사용할 수 있다.  FIRE방법도 사용가능하다. ------------------------------------------------------------------http://incredi...

activated processes

http://www.cecam.org/workshop-209.html

GPGPU를 활용한 분자동역학 계산

트랙백:GPGPU(범용 그래픽카드)를 이용한 분자동역학놀라운 그래픽 카드의 계산 능력을 활용한 과학기술 계산의 시대가 열릴 수 있을것인가?관련 매뉴스크립트:네덜란드 그룹의 논문이군요. 특히, Frenkel 교수가 관여한 논문입니다. Frenkel & Smit의 책으로 유명하신 교수님이십니다. 아무튼, 한 발 앞선 개인기를 이용한 분자동역학 논문인...

linear, inverse, logarithmic

inv, lin, logInv, Lin, LogINV, LIN, LOG# lin1.00000000000000012.0000000000000023.0000000000000034.0000000000000045.0000000000000056.0000000000000067.0000000000000078.0000000000000089.000000000000001...

Harmonic Fourier Beads (HFB) 방법 (free energy)

HFB (Harmonic Fourier Beads) 방법 [J. Chem. Phys. 125, 174108 (2006) ] [Ilja V. Khavrutskii, C. L. Brooks III, http://mccammon.ucsd.edu/~ikhavru/  저자 웹페이지에 manuscript가 올라와 있음. 2007년 5월2일 확인함.]은 유...

Principal Components Analysis (PCA)

http://en.wikipedia.org/wiki/Karhunen-Lo%C3%A8ve_transformIn statistics, principal components analysis (PCA) is a technique for simplifying a dataset, by reducing multidimensional datasets to lower ...
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