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전이경로를 찾아서

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CVODE, A STIFF/NONSTIFF ODE SOLVER IN C

S. D. Cohen and A. C. Hindmarsh, Comput. Phys. 10, 138 (1996).NEB 방법에서 relaxation 용도로 사용할 수 있다.  FIRE방법도 사용가능하다. ------------------------------------------------------------------http://incredi...

activated processes

http://www.cecam.org/workshop-209.html

GPGPU를 활용한 분자동역학 계산

트랙백:GPGPU(범용 그래픽카드)를 이용한 분자동역학놀라운 그래픽 카드의 계산 능력을 활용한 과학기술 계산의 시대가 열릴 수 있을것인가?관련 매뉴스크립트:네덜란드 그룹의 논문이군요. 특히, Frenkel 교수가 관여한 논문입니다. Frenkel & Smit의 책으로 유명하신 교수님이십니다. 아무튼, 한 발 앞선 개인기를 이용한 분자동역학 논문인...

linear, inverse, logarithmic

inv, lin, logInv, Lin, LogINV, LIN, LOG# lin1.00000000000000012.0000000000000023.0000000000000034.0000000000000045.0000000000000056.0000000000000067.0000000000000078.0000000000000089.000000000000001...

Action-Derived Molecular Dynamics: from Algorithms to Applications

Runge-Kutta 알고리듬, 예제

Runge-Kutta 방법은, 미분방정식들을 동시에 적분하는 수치 알고리듬이다. 아주 널리 알려진 유용한 계산 방법이다. "first-order differential equation set,self-starting,독일 사람들이 만듬."In numerical analysis, the Runge–Kutta methods are an import...

Harmonic Fourier Beads (HFB) 방법 (free energy)

HFB (Harmonic Fourier Beads) 방법 [J. Chem. Phys. 125, 174108 (2006) ] [Ilja V. Khavrutskii, C. L. Brooks III, http://mccammon.ucsd.edu/~ikhavru/  저자 웹페이지에 manuscript가 올라와 있음. 2007년 5월2일 확인함.]은 유...

Principal Components Analysis (PCA)

http://en.wikipedia.org/wiki/Karhunen-Lo%C3%A8ve_transformIn statistics, principal components analysis (PCA) is a technique for simplifying a dataset, by reducing multidimensional datasets to lower ...

linear correlation

linear correlation coefficient r, aka, Pearson's rFor pairs of quantities : (x_i,y_i), i=1,...,n-1 <= r <= 1r=-1; complete negative correlationr=1 ; complete positive correlationr~ 0 ; the var...
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