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Action-Derived Molecular Dynamics: from Algorithms to Applications

Runge-Kutta 알고리듬, 예제

출처: 위키피디아 Runge-Kutta 방법은, 미분방정식들을 동시에 적분하는 수치 알고리듬이다. 아주 널리 알려진 유용한 계산 방법이다. "first-order differential equation set,self-starting,독일 사람들이 만듬."In numerical analysis, the Runge–Kutta methods are...

전이경로를 찾아서

Harmonic Fourier Beads (HFB) 방법 (free energy)

HFB (Harmonic Fourier Beads) 방법 [J. Chem. Phys. 125, 174108 (2006) ] [Ilja V. Khavrutskii, C. L. Brooks III, http://mccammon.ucsd.edu/~ikhavru/  저자 웹페이지에 manuscript가 올라와 있음. 2007년 5월2일 확인함.]은 유...

Principal Components Analysis (PCA)

http://en.wikipedia.org/wiki/Karhunen-Lo%C3%A8ve_transformIn statistics, principal components analysis (PCA) is a technique for simplifying a dataset, by reducing multidimensional datasets to lower ...

linear correlation [algorithm]

linear correlation coefficient r, aka, Pearson's rFor pairs of quantities : (x_i,y_i), i=1,...,n-1 <= r <= 1r=-1; complete negative correlationr=1 ; complete positive correlationr~ 0 ; the var...

분자동역학 (molecular dynamics) 입문

분자동역학 (molecular dynamics): Newton의 운동방정식을 원자, 유사 분자 모델 수준에서 수치적으로 푸는 방법을 말한다. 분자내의 모든 원자들의 위치를 시간의 함수로 알아내는 작업을 의미한다. 이러한 계산을 통해서 분자시스템의 시간에 따른 물성을 조사하는것을 목표로 한다. 원자, 분자의 운동을 시간의 함수로 표현할 수 있다. 원자들의...

ADMD (작용유도 분자동역학) 홈페이지 오픈

ADMD홈페이지 오픈: Where transition-pathway search is part of the pleasure. 관련 자료: action-derived molecular dynamics_ from algorithms to applications.pdfaction-derived molecular dynamics (ADMD) : 작용유도 분자동...
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