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A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP model

A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP modelhttp://www.cs.ubc.ca/labs/beta/Projects/REMC-HPPFP/cf.http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/projects/ece498/

Efficient Monte-Carlo Simulation of Proteins

Efficient Monte-Carlo Simulation of Proteinshttp://robotics.stanford.edu/~itayl/mcs/cf.http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/projects/ece498/mcconf/

MPI_GATHERV

병렬계산에서 자주 마주치게 되는 상황 중 하나에 대해서 언급하고자 합니다.각 노드에 할당된 특정 크기(M)의 자료들을  특정 노드(0 노드)에 모두 모으고자 할 때가 있을 수 있다.이 때, 특정 노드(0 노드)에서는 노드수(nproc)에 비례하는 배열 할당(M * nproc)이 필요하게 된다. 이러한 기본적인 데이터의 전송 패턴에 관해서는 정리...

CRANKITE: A fast polypeptide backbone conformation sampler

Source Code Biol Med. 2008; 3: 12. Published online 2008 June 24. doi: 10.1186/1751-0473-3-12.PMCID: PMC2443148Copyright © 2008 Podtelezhnikov and Wild; licensee BioMed Central Ltd.CRANKITE: A fast ...

compiler option -C

compiler option -C여기서 C라는 옵션에 대해서 이야기 한다.이는 디버깅 옵션들 중에 하나로 분류될 수 있는 옵션이다. -C Add array bounds checking; the same as -Mbounds.통상 array bounds 를 프로그램 실행시간에 체크해주는 옵션이다. 물론, 실제 계산 속도는 느려진다.따라서 프로그램 ...

Markov 정상 상태, Markov chain model

Markov 정상 상태(stationary state)를 다루는 하나의 예제를 소개합니다.  일기 예보와 관련된 아주 단순한 예제를 소개하고자 합니다.하루의 날씨를 아래와 같이 두 가지 종류만 있다고 가정합니다. 하루의 날씨를 아래와 같이sunny, rainy 두 가지 종류의 날씨만 있다고 가정합니다.오늘 날씨를 sunny, rainy...

matrix diagonalization [algorithm]

행렬 대각화 (matrix diagonalization) 예제입니다. LAPACK, BLAS 를 활용한 방식이다. 가장 일반적인 방식으로 받아드려진다. http://incredible.egloos.com/7193290http://www.netlib.org/lapack/complex16LIBS =  -llapack -lblas  ...

포트란 90 강의자료 및 책 (KISTI 제공)

KISTI 슈퍼컴퓨팅센터 제공 자료포트란 90 책, 강의 자료(포트란 교재, 포트란 책, 포트란 강의자료)포트란 언어가 필요한 이유:이공계 분야의 경우, 많은 응용의 경우, 궁극적으로 슈퍼 컴퓨팅영역으로 접근이 필요하다. 단위 시간당 계산을 많이 할 수 있는 컴퓨터 언어가 필요하다.  데이터 생산성이 계산 속도와 연관이 있는 경우라면 ...

PyMinuit

http://code.google.com/p/pyminuit/pyminuit Minuit numerical function minimization in Python ----------------------------------------------------------------------------------------------------http:/...

Code Beautifiers

http://en.wikipedia.org/wiki/Prettyprinthttp://universalindent.sourceforge.net/indent/usr/bin/indent man indent
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